根据中共哈密市委办公室哈密市人民政府办公室印发《哈密市生态环境局职能配置、内设机构和人员编制规定》的通知,哈密市生态环境局伊吾县分局作为哈密市生态环境局派出机构,加挂伊吾县生态环境保护综合行政执法大队牌子,实行“局队合一”体制。
下设股级机构4个:办公室、业务股、执法股、法规股。
下属事业单位2个:生态文明建设办公室、环境监测站。