1、内设机构：设综合办公室、综合执法股、耕地保护与调查监测股、国土空间规划管制利用权益股、国土空间生态修复与矿政综合股等5个股级职能机构。

2、下属单位：下辖城乡规划中心、不动产登记中心2个副科级事业单位。

3、权责体系：对应哈密市自然资源局19个科室，共有权责事项173项，其中：行政许可11项、行政处罚127项、行政征收3项、行政检查16项、行政确认4项、行政奖励4项、行政裁决2项、其他行政权力6项。

4、党组织建设：设局机关党支部1个，配备支部书记1名、副书记1名，组织、宣传、纪检委员各1名。支部共有党员16名，其中35岁以下2名，占比13%；科级干部7名，占比43.8%。